INSTYTUT DENDROLOGII

POLSKIEJ AKADEMII NAUK

76: 73-79

Yan Su, Dehuo Hu, Huiquan Zheng
Detection of SNPs based on DNA specific-locus amplified fragment sequencing in Chinese fir (Cunninghamia lanceolata (Lamb.) Hook)

Dendrobiology 2016, vol. 76: 73-79

http://dx.doi.org/10.12657/denbio.076.007

Full text (pdf)

Abstract: 

Compared to angiosperms, conifers represent more complex genomes with larger giga-genome size. To detect large-scale single nucleotide polymorphisms (SNPs), whole genome sequencing of a conifer population is still unaffordable. In this work, we report the use of DNA specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) for large-scale SNP detection in Chinese fir (Cunninghamia lanceolata (Lamb.) Hook), an ecological and economic important conifer in China. SLAF libraries of 18 parent clones of a Chinese fir 2.5 generation seed orchard were sequenced and a total of 117,924 SLAFs were developed. We detected 147,376 SNPs from these SLAFs; 146,231 of them represented simple nucleotide change in A/G, C/T, A/C, A/T, C/G or G/T. The most frequent SNPs occurred in C/T (34.3%), while the majority of SNPs (68.2%) belonged to transition events (A/G and C/T). Notably, all the sequenced samples had high portion (78.2–80.9%) of common SNPs indicating that the Chinese fir genomes tended to change its nucleotides at common loci. 48,406 informative SNPs were then successfully utilized to genotype the tested samples (n = 18) followed by a phylogenetic tree to clarify their genetic relationship. Furthermore, a set of very high linkage disequilibrium (0.51–1.00) were identified from these informative SNPs. In brief, our work demonstrated that SLAF-seq is an alternative and cost-effectively high-throughput approach for large-scale SNP exploitation in Chinese fir. While the obtained SNPs offer useful marker resource for further genetic and genomic studies and will be helpful for Chinese fir breeding programs.

Keywords: Conifer, SLAF, SNP, genotyping and linkage disequilibrium

     

Zmień kontrast

Dostosuj czcionkę

eu logo

Komitet Nauk Leśnych i Technologii Drewna

W ramach dotacji Powiatu Poznańskiego na prace konserwatorskie, restauratorskie lub roboty budowlane przy zabytku, nasze Arboretum otrzymało środki na realizację projektu pt. Wyeksponowanie oryginalnych elementów zabytkowego ogrodu poprzez przebudowę odcinka alejek parkowych w Arboretum w Kórniku.

powiatpozn

Przedsięwzięcie pn.: "Doposażenie sal edukacyjnych Instytutu Dendrologii Polskiej Akademii Nauk w Kórniku w sprzęt i pomoce naukowe potrzebne do prowadzenia edukacji przyrodniczej i ekologicznej" dofinansowano ze środków Wojewódzkiego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Poznaniu. 

 

Zakup sprzętu i oprogramowania, materiałów i pomocy dydaktycznych wykorzystywanych w działalności edukacyjnej Instytutu Dendrologii PAN oraz opracowanie i wydruk przewodników przyrodniczych dla dzieci.

WFOSüGW Nowe logo peéna nazwa KOLOR

OZwRCIN extended colour RGB

Repozytorium Cyfrowe ID PAN