Na podstawie analiz morfologicznych, które przeprowadzono na 24 próbach Juniperus phoenicea, w tym na 713 okazach, 6971 sztukach szyszkojagód oraz 6974 fragmentach pędów, a także w oparciu o analizy genetyczne przeprowadzone z wykorzystaniem trzech markerów ISSR na 33 próbach jałowca fenickiego, w tym na 1009 okazach stwierdzono, że centrum formowania Juniperus phoenicea miało najprawdopodobniej miejsce zgodnie z sugestią Lebretona i Rivera (1989) w południowo-zachodniej części Półwyspu Iberyjskiego. Następnie gatunek rozprzestrzeniał się dwoma szlakami migracyjnymi: przez Hiszpanię - po Andorę i Francję oraz być może do północno-zachodnich Włoch oraz wzdłuż wybrzeży Europy i Afryki aż po Wyspy Kanaryjskie (przy czym zasiedlenie obszarów górskich północnej Afryki mogło nastąpić podczas plejstoceńskich zmian klimatycznych). Dalsza kolonizacja J. phoenicea, wzdłuż południowych wybrzeży Grecji, Korsyki i Sardynii, odbywała się najprawdopodobniej w czasie kryzysu messyńskiego, przed blisko sześcioma milionami lat. Wędrówka gatunku na wschód mogła przebiegać także wzdłuż wybrzeży Afryki - po Cyrenajkę (Libia), a nawet po zachodnie wybrzeża Azji, co jednak wymaga potwierdzenia w dalszych badaniach.

W aktualnym stanie wiedzy stwierdzony typ zróżnicowania genetycznego, a także morfologicznego wskazuje, że zlodowacenia plejstoceńskie nie wywarły zdecydowanego wpływu na procesy ewolucji Juniperus phoenicea. W tej sytuacji założona hipoteza, że gatunek przetrwał okres zlodowaceń nie tylko w zachodniej, ale także we wschodniej części regionu śródziemnomorskiego nie została ani w pełni potwierdzona, ani odrzucona.

Przeprowadzone badania potwierdziły słuszność wyróżniania dwóch podgatunków jałowca fenickiego: J. phoenicea subsp. phoenicea i J. phoenicea subsp. turbinata, w pewnym zakresie pozwoliły również na wyodrębnienie populacji z Wysp Kanaryjskich.