OGŁOSZENIE
O ZAMÓWIENIU Z DZIEDZINY NAUKI
(zaproszenie do składania ofert)
Pytania i odpowiedzi dotyczące treści ogłoszenia
o wartości szacunkowej mniejszej niż progi unijne, których przedmiotem są dostawy lub usługi służące wyłącznie do celów prac badawczych, eksperymentalnych, naukowych lub rozwojowych, które nie służą prowadzeniu przez zamawiającego produkcji masowej służącej osiągnięciu rentowności rynkowej lub pokryciu kosztów badań lub rozwoju – art. 11 ust. 5 pkt 1 ustawy Prawo zamówień publicznych z 11 września 2019 r. (Dz. U. z 2024 r. poz. 1320. z późn. zm.).
- Opis przedmiotu zamówienia:
Sukcesywne świadczenie usługi sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskiwanie sekwencji całogenomowych typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 370 próbek z mapowalnym pokryciem x10
Przedmiotem zamówienia jest wykonanie usługi sukcesywnego sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskanie sekwencji całogenomowych w wyniku sekwencjonowania typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 370 próbek z mapowalnym głębokim pokryciem x10. Usługa wykonana zostanie z wykorzystaniem materiału roślinnego (Fagus sylvatica) dostarczonego przez Zamawiającego w postaci 370 prób wyizolowanego genomowego DNA (gDNA). Zamawiający dokona oceny parametrów jakościowych i ilościowych próbek gDNA (czystości, jakości i stężenia). Próbki dostarczane będą w 0,5 ml probówkach. Zamawiający planuje wysłanie próbek w jednej lub dwóch transzach (z wyłączeniem wysyłki prób do optymalizacji procedury). Koszty transportu próbek zgodnie z zastosowaniem reguł odnoście transportu prób biologicznych pokrywa Wykonawca, w przypadku dostawy na terenie kraju Zamawiający dopuszcza dostarczenie prób osobiście przez przedstawicieli Zamawiającego. Wymagany jest zwrot niewykorzystanego materiału po zakończeniu sekwencjonowania.
Zakres usługi obejmuje:
- Omówienie projektu NGS w celu dobrania optymalnej procedury analiz oraz wykonanie sekwencjonowania próbnego obejmującego 8 próbek.
- Kontrolę jakości i integralności (QC) dostarczonych próbek do sekwencjonowania.
- Przygotowanie bibliotek z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego gDNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS przy pomocy platformy Illumina (NovaSeq6000). Biblioteki zostaną przygotowane wyłącznie przy użyciu oryginalnych, licencjonowanych i zweryfikowanych zestawów Illumina (TruSeq DNA PCR-Free). Strona zamawiająca nie dopuszcza użycia odpowiedników i niezwalidowanych zestawów.
- Kontrole jakości przygotowanych bibliotek. Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Agilent Bioanalyzer 2100 z chipem DNA 1000 lub Agilent TapeStation.
- Sekwencjonowanie na platformie NovaSeq6000 z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców o długości odczytu 2x150bp z głębokim pokryciem x10. Spodziewana średnia liczba odczytów na próbkę musi wynosić ok. 6.0 Gbp. Poziom zduplikowanych odczytów w zakresie <5%. Jeśli poziom przekroczy 5%, próbka będzie dalej sekwencjonowania, aby dostarczyć określoną ilość danych. Przynajmniej 80% zsekwencjonowanych par zasad powinno mieć odczyt o jakości Qscore>30 lub więcej.
- Wygenerowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego również informacje na temat metodyki i procedury sekwencjonowania, informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek.
- Wstępna obróbka informatyczna uzyskanych danych obejmująca demultipleksowanie i przycinanie adapterów. Ponadto Wykonawca przeprowadzi standardową kontrolę jakości danych (jakość i ilość) przed dostarczeniem ich do Zamawiającego.
- Dostarczenie plików wynikowych w formacie Fastq dla 370 próbek po 8 tygodniach od wysyłki ostatniej transzy na komercyjny serwer w chmurze np. Dropbox lub dysk SSD zabezpieczony hasłem (po stronie Zamawiającego).
- Wsparcie techniczne w trakcie przygotowywania przez Zamawiającego prób do sekwencjonowania oraz bieżące informowanie Zamawiającego o postępach i etapach pracy poprzez regularną komunikację z dedykowanym przez serwis prowadzącym projekt.
- Zamawiający gwarantuje realizację usługi na poziomie min. 70%.
- Termin wykonania całości usługi - 20 lipca 2025 r.
- Termin związania ofertą – 14 dni tj. do 6 lutego 2025 r.
- Oferty wg wzoru stanowiącego załącznik nr 1 powinny zawierać proponowaną cenę na wszystkie elementy zamówienia ujęte w opisie.
- Cenę za wykonanie zamówienia Wykonawca określi w złotych z dokładnością do dwóch miejsc po przecinku na wszystkie elementy zamówienia. Zamawiający w celu ustalenia, czy oferta zawiera rażąco niską cenę w stosunku do przedmiotu zamówienia, może zwrócić się do Wykonawcy o udzielenie w określonym terminie wyjaśnień dotyczących elementów oferty mających wpływ na wysokość ceny. Zastosowanie przez Wykonawcę stawki podatku VAT od towarów i usług niezgodnego z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego z 11.03.2004 r. spowoduje odrzucenie oferty. Cena powinna zawierać wszystkie koszty realizacji zamówienia.
- Jedynym kryterium wyboru oferty jest cena brutto. Za najkorzystniejszą ofertę uznana zostanie ważna oferta z najniższą ceną.
- Z Wykonawcą, którego oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą zostanie podpisana umowa wg wzoru załącznika nr 2 do ogłoszenia (dotyczy zamówienia na kwotę powyżej 15000,00 zł netto) lub zostanie wysłane pisemne zamówienie (kwota poniżej 15000,00 zł netto).
- Zamawiający dopuszcza rozliczenie za pomocą faktur częściowych. Wykonawca wystawi fakturę po wykonaniu usługi dla każdej transzy. Warunkiem zapłaty jest sporządzenie przez strony tej umowy protokołu odbioru przedmiotu usługi lub jej części – załącznik nr 4.
- Zamawiający zastrzega sobie prawo unieważnienia postępowania bez podania przyczyny. Od tej decyzji nie przysługują środki odwoławcze.
- Oferty należy składać w zamkniętych kopertach z dopiskiem: „Oferta cenowa na wykonanie usługi sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskiwanie sekwencji całogenomowych typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 370 próbek z mapowalnym pokryciem x10, znak sprawy: DAZ.2540.15.2025” do 24 stycznia 2025 roku w skrzynce podawczej Instytutu portiernia budynku A, do godz. 10:00 lub przesłać pocztą elektroniczną na adres:
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. . - Osobą do kontaktu w sprawie zamówienia pod względem formalno-proceduralnym jest Damian Maciejewski, tel.: 796 360 310; e-mail:
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. w godzinach od 7:30 do 15:30.
Złączniki:
Nr 1 Formularz ofertowy,
Nr 2 Wzór umowy,
Nr 3 Klauzula RODO,
Nr 4 Wzór protokołu.
Dyrektor Instytutu Dendrologii
Polskiej Akademii Nauk
prof. dr hab. inż. Andrzej M. Jagodziński
Kórnik 10.01.2025 r.