OGŁOSZENIE
O ZAMÓWIENIU Z DZIEDZINY NAUKI
(zaproszenie do składania ofert)
Odpowiedź na pytanie dotyczące treści ogłoszenia
Odpowiedzi na pytania dotyczące treści ogłoszenia 2
o wartości szacunkowej mniejszej niż progi unijne, których przedmiotem są dostawy lub usługi służące wyłącznie do celów prac badawczych, eksperymentalnych, naukowych lub rozwojowych, które nie służą prowadzeniu przez zamawiającego produkcji masowej służącej osiągnięciu rentowności rynkowej lub pokryciu kosztów badań lub rozwoju – art. 11 ust. 5 pkt
1 ustawy Prawo zamówień publicznych z 11 września 2019 r. (Dz. U. z 2024 r. poz. 1320 z późn. zm.).
Usługa sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i uzyskanie sekwencji całogenomowych w wyniku sekwencjonowania typu „whole genome sequencing” (WGS), łącznie dla 110 próbek z mapowalnym pokryciem 10x.
- Opis przedmiotu zamówienia:
Przedmiotem zamówienia jest wykonanie usługi sekwencjonowania nowej generacji (NGS)
i uzyskanie sekwencji całogenomowych w wyniku sekwencjonowania typu „whole genome sequencing” (WGS) łącznie dla 110 próbek z mapowalnym pokryciem x10. Usługa wykonana zostanie z wykorzystaniem materiału Fagus sylvatica i F. orientalis dostarczonego przez Zamawiającego w postaci 110 prób wyizolowanego genomowego DNA (gDNA).
Zamawiający dokona oceny parametrów jakościowych i ilościowych próbek gDNA (czystości, jakości i stężenia).
Zamawiający planuje wysłanie próbek w jednej transzy, w terminie do 7 dni, licząc od dnia podpisania umowy. Koszty transportu próbek pokrywa Wykonawca. Wymagany jest zwrot niewykorzystanego materiału po zakończeniu sekwencjonowania.
Zakres usługi obejmuje: (1) Omówienie projektu NGS w celu dobrania optymalnej strategii metodycznej oraz wykonanie sekwencjonowania próbnego obejmującego 8 próbek. (2) Kontrola jakości (QC) dostarczonych próbek do sekwencjonowania. (3) Przygotowanie bibliotek
z wykorzystaniem dostarczonego, wyizolowanego gDNA, na potrzeby sekwencjonowania NGS przy pomocy platformy Illumina (NovaSeq6000). Biblioteki zostaną przygotowane wyłącznie przy użyciu oryginalnych, licencjonowanych i zweryfikowanych zestawów Illumina (TruSeq DNA PCR-Free). Strona zamawiająca nie dopuszcza użycia odpowiedników i niezwalidowanych zestawów.
(4) Kontrole jakości przygotowanych bibliotek. Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Agilent Bioanalyzer 2100 z chipem DNA 1000. (5) Sekwencjonowanie na platformie NovaSeq6000 z zestawem odczynników umożliwiającym odczyt w trybie sparowanych końców
o długości odczytu 2x150bp z głębokim pokryciem x10. Spodziewana średnia liczba odczytów na próbkę powinna wynosić ok. 6.0 Gbp. Poziom zduplikowanych odczytów w zakresie <5%. Jeśli poziom przekroczy 5%, próbka będzie dalej sekwencjonowania, aby dostarczyć określoną ilość danych. Przynajmniej 80% zsekwencjonowanych par zasad powinno mieć odczyt o jakości Qscore>30 lub więcej. (6) Wygenerowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek. (7) Wstępna obróbka informatyczna uzyskanych danych obejmująca demultipleksowanie i przycinanie adapterów, a także zgrupowanie (merging) odczytów. Ponadto Wykonawca przeprowadzi standardową kontrolę jakości danych (jakość i ilość) przed dostarczeniem ich do Zamawiającego. (8) Dostarczenie plików wynikowych w formacie Fastq dla 110 próbek na serwer w chmurze zapewniony przez Zamawiającego. (9) Wsparcie techniczne w trakcie przygotowywania przez Zamawiającego prób do sekwencjonowania oraz bieżące informowanie Zamawiającego o postępach i etapach pracy poprzez regularną komunikację z dedykowanym przez serwis prowadzącym projekt. (10) Zamawiający gwarantuje realizację usługi na poziomie min. 70%.
Termin realizacji usługi: do 22.07.2026 r. Termin realizacji usługi Zamawiający rozumie jako termin przekazania wyników.
- Termin związania ofertą – 7 dni tj. do 5 lipca 2026 r.
- Oferty wg wzoru stanowiącego załącznik nr 1 powinny zawierać proponowaną cenę na wszystkie elementy zamówienia ujęte w opisie.
- Cenę za wykonanie zamówienia Wykonawca określi w złotych z dokładnością do dwóch miejsc po przecinku. Cena powinna obejmować wszystkie koszty realizacji zamówienia. Zastosowanie przez Wykonawcę stawki podatku od towarów i usług (VAT) niezgodnej z obowiązującymi przepisami prawa, w szczególności ustawą z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług, może skutkować odrzuceniem oferty. Zamawiający w celu ustalenia, czy oferta zawiera rażąco niską cenę w stosunku do przedmiotu zamówienia, może zwrócić się do Wykonawcy o udzielenie w określonym terminie wyjaśnień dotyczących elementów oferty mających wpływ na wysokość ceny.
- Jedynym kryterium wyboru oferty jest cena brutto. Za najkorzystniejszą ofertę uznana zostanie ważna oferta z najniższą ceną.
- Z Wykonawcą, którego oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą zostanie podpisana umowa wg wzoru załącznika nr 2 do ogłoszenia (dotyczy zamówienia na kwotę powyżej 25000,00 zł netto) lub zostanie wysłane pisemne zamówienie (kwota poniżej 25000,00 zł netto).
- Wynagrodzenie należne Wykonawcy będzie płatne na podstawie prawidłowo wystawionej faktury VAT, z terminem płatności 14 dni, od daty jej otrzymania przez Zamawiającego.
- Podstawą wystawienia faktury jest podpisanie przez Strony protokołu odbioru potwierdzającego wykonanie usługi, rozumianej jako przekazanie kompletu wyników (załącznik nr 4 do ogłoszenia).
- Zamawiający zastrzega sobie prawo unieważnienia postępowania bez podania przyczyny. Od tej decyzji nie przysługują środki odwoławcze.
- Oferty należy składać do dnia 29 czerwca 2026 roku, do godziny 10:00, przesyłając je pocztą elektroniczną na adres:
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. z dopiskiem w tytule wiadomości: „Oferta cenowa na wykonanie usługi sekwencjonowania nowej generacji (NGS)., znak sprawy: DAZ.2540.471.2026”. - Osobą do kontaktu w sprawie zamówienia pod względem formalno-proceduralnym jest Klaudia Olejniczak, tel.: 663730893; e-mail:
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. w godzinach od 7:30 do 15:30.
Dyrektor Instytutu Dendrologii
Polskiej Akademii Nauk
prof. dr hab. inż. Andrzej M. Jagodziński
członek korespondent PAN
Kórnik 22.06.2026 r.
Złączniki:
Nr 1 Formularz ofertowy,
Nr 2 Wzór umowy,
Nr 3 Klauzula RODO,
Nr 4 Wzór protokołu.