Wykonanie usługi sekwencjonowania NGS

OGŁOSZENIE

O ZAMÓWIENIU Z DZIEDZINY NAUKI

(zaproszenie do składania ofert)

 Wynik

o wartości szacunkowej mniejszej niż progi unijne, których przedmiotem są dostawy lub usługi służące wyłącznie do celów prac badawczych, eksperymentalnych, naukowych lub rozwojowych, które nie służą prowadzeniu przez zamawiającego produkcji masowej służącej osiągnięciu rentowności rynkowej lub pokryciu kosztów badań lub rozwoju – art. 11 ust. 5 pkt
1 ustawy Prawo zamówień publicznych z 11 września 2019 r. (Dz. U. z 2023 r. poz. 1605, 1720 z późn. zm.).

1. Opis przedmiotu zamówienia:

Przedmiotem zamówienia jest wykonanie usługi sekwencjonowania NGS 500 (+/- 10%) prób w celu oznaczenia różnorodności grzybów i bakterii:

2. Przygotowanie bibliotek z dostarczonego DNA przy użyciu 2-stopniowego PCR dla regionów: 16S V3-V4 z wykorzystaniem starterów 341F CCTAYGGGRBGCASCAG oraz 806R GGACTACNNGGGTATCTAAT i ITS1 z wykorzystaniem starterów ITS1F CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA oraz ITS2 GCTGCGTTCTTCATCGATGC.
3. Kontrola jakości powstałych amplikonów przy pomocy elektroforezy na żelu agarozowym, (zamawiający zostanie poinformowany o wynikach kontroli jakości w osobnym raporcie przed podjęciem decyzji o dalszym procedowaniu próbek).
4. Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Bioanalyzer 2100 oraz Qubit;
5. Przygotowanie raportu podsumowującego przebieg sekwencjonowania obejmującego informacje na temat metody i procedury sekwencjonowania, informacje odnośnie samego przebiegu sekwencjonowania oraz opracowanie statystyczne pozwalające na ocenę jakości sekwencjonowania i pokrycia próbek.
6. Analiza bioinformatyczna obejmująca:
   • podział danych i scalanie odczytów (merging);
   • kontrola jakości uzyskanych danych przez filtrowanie odczytów i usunięcie chimer;
   • klasteryzacja i adnotacja gatunków w oparciu o OTU programem Qiime (odszumianie ASV DADA2);
   • annotacja taksonomiczna (16S: Silva138, ITS: Unite v8.2), wykresy słupkowe na różnych poziomach taksonomicznych;
   • analiza Alpha-diversity (Alpha diversity index, Alpha rarefaction, Species accumulation boxplot, Alpha group significance, Species abundance heatmap, Venn and Flower diagram, Ternary plot);
   • analiza Beta-diversity (Beta diversity metric, Beta group significance (Adonis and Anosim), PCoA, PCA, NMDS, T-test, Metastat, LEfSe);
   • analiza funkcjonalna (tylko 16S) PICRUSt2 (COG, EC, KO, PFAM, TIGRFAM, pathway), Heatmap, Venn and Flower diagram, PCA, T-test);
   • możliwości analizy 10 wariantów;
   • możliwości korekty analiz bioinformatycznych z jednoczesną aktualizacją danych na głównej platformie.
7. Wymagane jest, aby zamawiający miał dostęp do wszystkich uzyskanych danych (również surowych odczytów). Dane powinny umieszczone na serwerze plików/dysku sieciowym, jak również dostarczone w formie cyfrowej na nośniku (np. pendrive) w postaci plików *.fastq, *.fna, *.txt, *.bion, *.xlsx. Pliki w formie on-line powinny być dostępne przez sześć miesięcy od daty zakończenia zlecenia, a dostęp do nich musi być zahasłowany. Piliki powinny być spakowane programem 7Zip z opcją szyfrowania danych.
8. Wykonawca nie będzie rościć sobie żadnych praw autorskich do wygenerowanych danych
   i nie będzie ich wykorzystywał w jakikolwiek sposób do własnych celów (np. budowa bazy danych). Dane zostaną nieodwracalnie usunięte po maksymalnie 6 miesiącach od wykonania całości usługi lub na wyraźne życzenie Zamawiającego.
9. Materiał zostanie dostarczony w dwóch transzach, w formie zamrożonej (w suchym lodzie). Dostawa prób i suchy lód na koszt Wykonawcy. I transza zostanie dostarczona do
   15 października 2024 (400 prób) oraz II transza (100 prób) do 31 maja 2025 roku.
10. Termin wykonania usługi – do 60 dni od dostarczenia próbek. Termin realizacji Zamawiający rozumie jako termin przekazania wyników.
11. Zamawiający dopuszcza zmniejszenia lub zwiększania prób o +/- 10%.

2. Termin związania ofertą – 14 dni tj. do 7 października 2024 r.
3. Oferty wg wzoru stanowiącego załącznik nr 1 powinny zawierać proponowaną cenę na wszystkie elementy zamówienia ujęte w opisie.
4. Cenę za wykonanie zamówienia Wykonawca określi w złotych z dokładnością do dwóch miejsc po przecinku na wszystkie elementy zamówienia. Zamawiający w celu ustalenia, czy oferta zawiera rażąco niską cenę w stosunku do przedmiotu zamówienia, może zwrócić się do Wykonawcy o udzielenie w określonym terminie wyjaśnień dotyczących elementów oferty mających wpływ na wysokość ceny. Zastosowanie przez Wykonawcę stawki podatku VAT od towarów i usług niezgodnego z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego z 11.03.2004 r. (Dz. U. 04.54.535 z póź. zm.) spowoduje odrzucenie oferty. Cena powinna zawierać wszystkie koszty realizacji zamówienia.
5. Jedynym kryterium wyboru oferty jest cena brutto. Za najkorzystniejszą ofertę uznana zostanie ważna oferta z najniższą ceną.
6. Z Wykonawcą, którego oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą zostanie podpisana umowa wg wzoru załącznika nr 2 do ogłoszenia (dotyczy zamówienia na kwotę powyżej 15000,00 zł netto) lub zostanie wysłane pisemne zamówienie (kwota poniżej 15000,00 zł netto).
7. Zamawiający dopuszcza rozliczenie za pomocą faktur częściowych. Wykonawca wystawi fakturę po wykonaniu usługi dla każdej transzy. Warunkiem zapłaty jest sporządzenie przez strony tej umowy protokołu odbioru przedmiotu usługi lub jej części – załącznik nr 4.
8. Zamawiający zastrzega sobie prawo unieważnienia postępowania bez podania przyczyny. Od tej decyzji nie przysługują środki odwoławcze.
9. Oferty należy składać w zamkniętych kopertach z dopiskiem: „Oferta cenowa na wykonanie sekwencjonowania NGS 500 prób, znak sprawy: DAZ.2540.745.2024” do 24 września 2024 roku w skrzynce podawczej Instytutu portiernia budynku A, do godz. 10:00 lub przesłać pocztą elektroniczną na adres: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript..
10. Osobą do kontaktu w sprawie zamówienia pod względem formalno-proceduralnym jest Klaudia Olejniczak, tel.: 663 730 893; e-mail: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. w godzinach od 7:30 do 15:30.

Złączniki:

Nr 1 Formularz ofertowy,

Nr 2 Wzór umowy,                                                                                    

Nr 3 Klauzula RODO,

Nr 4 Wzór protokołu.

  Pobierz załączniki               

Dyrektor Instytutu Dendrologii

Polskiej Akademii Nauk

prof. dr hab. inż. Andrzej M. Jagodziński

Kórnik 16.09.2024 r.