Wybierz swój język

las

las

`

Instytut Dendrologii
Polskiej Akademii Nauk

kategoria naukowa A+ w dyscyplinie nauki biologiczne

kategoria naukowa A+ w dyscyplinie nauki leśne

NASZE PUBLIKACJE

https://www.idpan.poznan.pl/pl/nasze-publikacje-lista

https://new.idpan.poznan.pl/pl/nasze-publikacje-lista

More In Nasze publikacje  

WYDARZENIA

baner

 

 

  

 

 

   Zamoyski2024 pl

 

 

 

 

 

 
 
 
 
 
 
 
 
BIULETYN

NAUKA

DENDROBIOLOGY
 
 
 
 
More In vol. 93  
 
 
 
 

WSPÓŁPRACA

logo PAN

logo LP

logo FZK

logo PTL

logo Kórnik

logo PP

NCN logo

 
 
 
 
  • Bip dodatkowe pola informatycjne:

    dr hab. inż. Emilia Pers-Kamczyc, prof. ID PAN
    Osoba publikująca: Grzegorz Płócieniak

Ogłoszenie o udzieleniu zamówienia


 

OGŁOSZENIE

O ZAMÓWIENIU Z DZIEDZINY NAUKI

(zaproszenie do składania ofert)

 

o wartości szacunkowej mniejszej niż progi unijne, których przedmiotem są dostawy lub usługi służące wyłącznie do celów prac badawczych, eksperymentalnych, naukowych lub rozwojowych, które nie służą prowadzeniu przez zamawiającego produkcji masowej służącej osiągnięciu rentowności rynkowej lub pokryciu kosztów badań lub rozwoju – art. 11 ust. 5 pkt
1 ustawy Prawo zamówień publicznych z 11 września 2019 r. (Dz. U. z 2023 r. poz. 1605, 1720

z późn. zm.).

                                                                                                                 

  1. Opis przedmiotu zamówienia:

Przedmiotem zamówienia jest wykonanie analiz metagenomicznych (II) prób DNA środowiskowego.

Zadanie 1:
Wykonanie analiz metagenomicznych prób DNA środowiskowego dla łącznie 30 prób.
Waga pojedynczej próby: do 20 g.

W zakres świadczonej usługi muszą wchodzić:

  • Izolacja DNA z dostarczonych prób glebowych. Izolacja całkowitego DNA powinna zostać wykona z użyciem zestawów do izolacji DNA z prób środowiskowych, które zapewniają uzyskanie DNA
    o wysokiej czystości, np. QIAGEN DNeasy PowerSoil Pro Kit.
  • Przygotowanie bibliotek dla regionu ITS2 z amplikonów z trzech niezależnych reakcji PCR (30 izolacji = 90 reakcji PCR). Amplikony przygotowane będą z użyciem starterów gITS7 (5’-GTG ART CAT CGA RTC TTT G-3’) i ITS4 (5’-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3’).
  • Wykonanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania przygotowanych 30 bibliotek z użyciem technologii Illumina na sekwenatorze MiSeq z zestawem odczynników, które umożliwiają odczyt w trybie sparowanych odczytów o długościach od 2x250 do 2x500 nukleotydów. Wymagana minimalna ilość odczytów dla każdego amplikonu to 200 000.
  • Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje
  • o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), oraz przypisanie jednostek OTU do grup troficznych (w oparciu o bazę FunGuild).
  • Wymagane jest, aby zamawiający miał dostęp do wszystkich uzyskanych danych (również surowych odczytów). Dane powinny umieszczone na serwerze plików/dysku sieciowym, jak również dostarczone w formie cyfrowej na nośniku (np. pendrive) w postaci plików *.fastq, *.fna, *.txt, *.bion, *.xlsx. Pliki w formie on-line powinny być dostępne przez sześć miesięcy od daty zakończenia zlecenia, a dostęp do nich musi być zahasłowany. Piliki powinny być spakowane programem 7Zip z opcją szyfrowania danych.
  • Wykonawca nie będzie rościć sobie żadnych praw autorskich do wygenerowanych danych i nie będzie ich wykorzystywał w jakikolwiek sposób do własnych celów (np. budowa bazy danych). Dane zostaną nieodwracalnie usunięte po maksymalnie 6 miesiącach od wykonania całości usługi lub na wyraźne życzenie Zamawiającego.
  • Materiał do analiz zostanie dostarczony jednorazowo, w terminie co najmniej 30 dni przed terminem realizacji zamówienia. Materiał dostarczony zostanie w formie zamrożonej (w suchym lodzie). Dostawa prób i suchy lód na koszt Wykonawcy.
  • Termin wykonania usługi – do 30 dni od dostarczenia próbek, nie później niż do 30.11.2024 roku. Termin realizacji Zamawiający rozumie jako termin przekazania wyników. 

Zadanie 2:

Wykonanie analiz metagenomicznych prób DNA środowiskowego dla łącznie 26 prób.
Waga pojedynczej próby: do 20 g.

W zakres świadczonej usługi muszą wchodzić:

  • Izolacja DNA z dostarczonych prób glebowych. Izolacja całkowitego DNA powinna zostać wykona z użyciem zestawów do izolacji DNA z prób środowiskowych, które zapewniają uzyskanie DNA
    o wysokiej czystości, np. QIAGEN DNeasy PowerSoil Pro Kit.
  • Przygotowanie bibliotek dla regionu ITS2 z amplikonów z trzech niezależnych reakcji PCR (30 izolacji = 78 reakcji PCR). Amplikony przygotowane będą z użyciem starterów gITS7 (5’-GTG ART CAT CGA RTC TTT G-3’) i ITS4 (5’-TCC TCC GCT TAT TGA TAT GC-3’).
  • Wykonanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania przygotowanych 26 bibliotek
    z użyciem technologii Illumina na sekwenatorze MiSeq z zestawem odczynników, które umożliwiają odczyt w trybie sparowanych odczytów o długościach od 2x250 do 2x500 nukleotydów. Wymagana minimalna ilość odczytów dla każdego amplikonu to 200 000.
  • Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit), wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE), oraz przypisanie jednostek OTU do grup troficznych w oparciu o bazę FunGuild.
  • Wymagane jest, aby zamawiający miał dostęp do wszystkich uzyskanych danych (również surowych odczytów). Dane powinny umieszczone na serwerze plików/dysku sieciowym, jak również dostarczone w formie cyfrowej na nośniku (np. pendrive) w postaci plików *.fastq, *.fna, *.txt, *.bion, *.xlsx. Pliki w formie on-line powinny być dostępne przez sześć miesięcy od daty zakończenia zlecenia, a dostęp do nich musi być zahasłowany. Piliki powinny być spakowane programem 7Zip z opcją szyfrowania danych.
  • Wykonawca nie będzie rościć sobie żadnych praw autorskich do wygenerowanych danych i nie będzie ich wykorzystywał w jakikolwiek sposób do własnych celów (np. budowa bazy danych). Dane zostaną nieodwracalnie usunięte po maksymalnie 6 miesiącach od wykonania całości usługi lub na wyraźne życzenie Zamawiającego.
  • Materiał do analiz zostanie dostarczony jednorazowo, w terminie co najmniej 30 dni przed terminem realizacji zamówienia. Materiał dostarczony zostanie w formie zamrożonej (w suchym lodzie). Dostawa prób i suchy lód na koszt Wykonawcy.
  • Termin wykonania usługi – do 30 dni od dostarczenia próbek, nie później niż do 30.11.2024 roku. Termin realizacji Zamawiający rozumie jako termin przekazania wyników. 
  1. Termin związania ofertą – 14 dni tj. do 18 sierpnia 2024 r.
  2. Oferty wg wzoru stanowiącego załącznik nr 1 powinny zawierać proponowaną cenę na wszystkie elementy zamówienia ujęte w opisie.
  3. Zamawiający dopuszcza możliwość składania ofert częściowych na poszczególne zadania.
  4. Cenę za wykonanie zamówienia Wykonawca określi w złotych z dokładnością do dwóch miejsc po przecinku na wszystkie elementy zamówienia. Zamawiający w celu ustalenia, czy oferta zawiera rażąco niską cenę w stosunku do przedmiotu zamówienia, może zwrócić się do Wykonawcy o udzielenie w określonym terminie wyjaśnień dotyczących elementów oferty mających wpływ na wysokość ceny. Zastosowanie przez Wykonawcę stawki podatku VAT od towarów i usług niezgodnego z przepisami ustawy o podatku od towarów i usług oraz podatku akcyzowego z 11.03.2004 r. (Dz. U. 04.54.535 z póź. zm.) spowoduje odrzucenie oferty. Cena powinna zawierać wszystkie koszty realizacji zamówienia.
  5. Jedynym kryterium wyboru oferty jest cena brutto. Za najkorzystniejszą ofertę uznana zostanie ważna oferta z najniższą ceną.
  6. Z Wykonawcą, którego oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą zostanie podpisana umowa wg wzoru załącznika nr 2 do ogłoszenia (dotyczy zamówienia na kwotę powyżej 15000,00 zł netto) lub zostanie wysłane pisemne zamówienie (kwota poniżej 15000,00 zł netto).
  7. Warunkiem zapłaty jest sporządzenie przez strony tej umowy protokołu odbioru przedmiotu usługi lub jej części – załącznik nr 4.
  8. Zamawiający zastrzega sobie prawo unieważnienia postępowania bez podania przyczyny. Od tej decyzji nie przysługują środki odwoławcze.
  9. Oferty należy składać w zamkniętych kopertach z dopiskiem: „Oferta cenowa na wykonanie analiz metagenomicznych (II) prób DNA środowiskowego znak sprawy: DAZ.2540.583.2024” do
    5 sierpnia 2024 roku w skrzynce podawczej Instytutu portiernia budynku A, do godz. 10:00 lub przesłać pocztą elektroniczną na adres: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
  10. Osobą do kontaktu w sprawie zamówienia pod względem formalno-proceduralnym jest Damian Maciejewski, tel.: 796 360 310; e-mail: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. w godzinach od 7:30 do 15:30.

Złączniki:

Nr 1 Formularz ofertowy,

Nr 2 Wzór umowy,                                                                                    

Nr 3 Klauzula RODO,

Nr 4 Wzór protokołu.

 Pobierz załączniki

Zastępca dyrektora ds. organizacji i rozwoju

Instytutu Dendrologii PAN

dr hab. inż. Emilia Pers-Kamczyc, prof. ID PAN

Kórnik 24.07.2024 r.