Wykonanie analizy metagenomicznej 100 oraz 180 prób grzybów glebowych otrzymanych z próbek środowiskowych

OGŁOSZENIE

O ZAMÓWIENIU Z DZIEDZINY NAUKI

(zaproszenie do składania ofert)

o wartości szacunkowej mniejszej niż progi unijne, których przedmiotem są dostawy lub usługi służące wyłącznie do celów prac badawczych, eksperymentalnych, naukowych lub rozwojowych, które nie służą prowadzeniu przez zamawiającego produkcji masowej służącej osiągnięciu rentowności rynkowej lub pokryciu kosztów badań lub rozwoju – art. 11 ust. 5 pkt 1 ustawy Prawo zamówień publicznych z 11 września 2019 r. (Dz. U. z 2024 r. poz. 1320, z 2025 r. poz. 620, 769, 794, 1165, 1173 z późn. zm.).

1. Opis przedmiotu zamówienia:

Przedmiotem zamówienia jest wykonanie analizy metagenomicznej 100 oraz 180 prób grzybów glebowych otrzymanych z próbek środowiskowych.

Zadanie 1

Wykonanie izolacji DNA, a następnie przeprowadzenie analiz metagenomicznych grzybów glebowych otrzymanych z prób środowiskowych (gleba, rozdrobnione korzenie drzew różnych gatunków) – 100 próbek (+/- 10%). Masa każdej próbki będzie wynosiła 2-5g.

• Izolacja całkowitego DNA powinna zostać wykona
  z wykorzystaniem zestawów przeznaczonych do izolacji DNA z prób środowiskowych, zapewniających uzyskanie DNA o wysokiej czystości, nawet dla prób trudnych, charakteryzujących się dużą ilością frakcji pylastych, np. DNeasy PowerSoil Pro Kit. Dla uzyskania jak najlepszego obrazu mykobiomu glebowego konieczne jest wykonanie 3 niezależnych izolacji z każdej próby środowiskowej, które po połączeniu będą reprezentowały próbę i będą stanowiły matrycę dla dalszych analiz.
• Przygotowanie bibliotek dla regionu ITS z amplikonów pochodzących z trzech niezależnych reakcji PCR dla każdej dostarczonej matrycy (300 reakcji PCR).
• Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Bioanalyzer 2100 oraz Qubit.
• Wykonanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania - metabarkodingu długich fragmentów (ITS1-5.8S-ITS2) przygotowanych 100 bibliotek z wykorzystaniem technologii PacBio Sequel II oraz starterów ITS9munngs + ITS4ngsUni*. Wymagana minimalna ilość odczytów dla każdego amplikonu wynosi 20 000.
• Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit) do poziomu gatunku, wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE).
• Wymagane jest aby Zamawiający miał dostęp do wszystkich uzyskanych danych (również surowych odczytów). Dane powinny być umieszczone na serwerze plików/dysku sieciowym, jak również dostarczone w formie cyfrowej na nośniku (np. pendrive) w postaci plików *.fastq, *.fna, *.txt, *.bion, *.xlsx. Pliki w formie on-line powinny być dostępne przez sześć miesięcy od daty zakończenia zlecenia, a dostęp do nich musi być zahasłowany. Pliki powinny być spakowane programem 7Zip z opcją szyfrowania danych.
• Materiał do analiz zostanie dostarczony jednorazowo, na koszt Wykonawcy, w terminie co najmniej 30 dni przed terminem realizacji zamówienia.
• Termin realizacji zamówienia: do 15.12.2025 r.

Zadanie 2

Wykonanie izolacji DNA, a następnie przeprowadzenie analiz metagenomicznych grzybów glebowych otrzymanych z prób środowiskowych materia organiczna pochodząca z opadłych liści) – 180 próbek (+/- 10%). Masa każdej próbki będzie wynosiła 2-5g.

• Izolacja całkowitego DNA powinna zostać wykona z wykorzystaniem zestawów przeznaczonych do izolacji DNA z próbek glebowych, zapewniających uzyskanie DNA
  o wysokiej czystości, nawet dla prób trudnych charakteryzujących się dużą ilością kwasów organicznych, np. DNeasy PowerSoil Pro Kit.
• Przygotowanie bibliotek dla regionu ITS z amplikonów pochodzących z trzech niezależnych reakcji PCR dla każdej dostarczonej matrycy (minimalnie 180 izolacji = 540 reakcji PCR).
• Biblioteki zweryfikowane zostaną pod względem jakościowym przy użyciu qPCR, a następnie sprawdzone pod kątem długości fragmentów przy użyciu Bioanalyzer 2100 oraz Qubit.
• Wykonanie wysokoprzepustowego sekwencjonowania - metabarkodingu długich fragmentów (ITS1-5.8S-ITS2) przygotowanych 180 bibliotek z wykorzystaniem technologii PacBio Sequel II oraz starterów ITS9munngs + ITS4ngsUni*. Wymagana minimalna ilość odczytów dla każdego amplikonu wynosi 30 000.
• Podstawowa analiza bioinformatyczna w ramach której uzyskane wyniki zostaną przefiltrowane – rozdzielone na poszczególne próby, usunięte zostaną sekwencje o niskiej jakości, wyodrębnione zostaną jednostki taksonomiczne - OTU (Operational Taxonomic Unit) do poziomu gatunku, wykonana zostanie analiza taksonomiczna próbek (w oparciu o bazę UNITE).
• Wymagane jest aby zamawiający miał dostęp do wszystkich uzyskanych danych (również surowych odczytów). Dane powinny umieszczone na serwerze plików/dysku sieciowym, jak również dostarczone w formie cyfrowej na nośniku (np. pendrive) w postaci plików *.fastq, *.fna, *.txt, *.bion, *.xlsx. Pliki w formie on-line powinny być dostępne przez sześć miesięcy od daty zakończenia zlecenia, a dostęp do nich musi być zahasłowany. Piliki powinny być spakowane programem 7Zip z opcją szyfrowania danych.
• Materiał do analiz zostanie dostarczony jednorazowo, na koszt Wykonawcy w terminie co najmniej 30 dni przed terminem realizacji zamówienia.
• Termin realizacji zamówienia: do 15.12.2025 r.

2. Termin realizacji całości usługi – do 15.12.2025 r. Termin wykonania całości usługi Zamawiający rozumie jako termin przekazania wyników. 
3. Termin związania ofertą – 14 dni tj. do 27 października 2025 r.
4. Oferty wg wzoru stanowiącego załącznik nr 1 powinny zawierać proponowaną cenę na wszystkie elementy zamówienia ujęte w opisie.
5. Zamawiający dopuszcza możliwość składania ofert częściowych na poszczególne zadania.
6. Cenę za wykonanie zamówienia Wykonawca określi w złotych z dokładnością do dwóch miejsc po przecinku na wszystkie elementy zamówienia. Zamawiający w celu ustalenia, czy oferta zawiera rażąco niską cenę w stosunku do przedmiotu zamówienia, może zwrócić się do Wykonawcy o udzielenie w określonym terminie wyjaśnień dotyczących elementów oferty mających wpływ na wysokość ceny. Zastosowanie przez Wykonawcę stawki podatku VAT od towarów i usług niezgodnego z przepisami ustawy z dnia 24 stycznia 2025 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług, ustawy o podatku akcyzowym oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. 2025 poz. 222) spowoduje odrzucenie oferty. Cena powinna zawierać wszystkie koszty realizacji zamówienia.
7. Jedynym kryterium wyboru oferty jest cena brutto. Za najkorzystniejszą ofertę uznana zostanie ważna oferta z najniższą ceną.
8. Z Wykonawcą, którego oferta zostanie uznana za najkorzystniejszą zostanie podpisana umowa wg wzoru załącznika nr 2 do ogłoszenia (dotyczy zamówienia na kwotę powyżej 15000,00 zł netto) lub zostanie wysłane pisemne zamówienie (kwota poniżej 15000,00 zł netto).
9. Wynagrodzenie należne Wykonawcy będzie płatne na podstawie prawidłowo wystawionej faktury VAT, z terminem płatności 21 dni od daty jej otrzymania przez Zamawiającego. Warunkiem zapłaty jest sporządzenie przez strony protokołu odbioru przedmiotu usługi lub jej części – załącznik nr 4.
10. Zamawiający zastrzega sobie prawo unieważnienia postępowania bez podania przyczyny. Od tej decyzji nie przysługują środki odwoławcze.
11. Oferty należy składać w zamkniętych kopertach z dopiskiem: „Oferta cenowa na wykonanie analizy metagenomicznej 100 oraz 180 prób grzybów glebowych otrzymanych z próbek środowiskowych znak sprawy: DAZ.2540.856.2025” do 13 października 2025 roku w skrzynce podawczej Instytutu portiernia budynku A, do godz. 10:00 lub przesłać pocztą elektroniczną na adres: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.
12. Osobą do kontaktu w sprawie zamówienia pod względem formalno-proceduralnym jest Wiesław Płócieniak tel.: 601 857 261; e-mail: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. w godzinach od 7:30 do 15:30.

Złączniki:

Nr 1 Formularz ofertowy,

Nr 2 Wzór umowy,                                                                                    

Nr 3 Klauzula RODO,

Nr 4 Wzór protokołu.

 Pobierz załączniki

Zastępca dyrektora ds. organizacji i rozwoju
Instytutu Dendrologii PAN

dr hab. inż. Emilia Pers-Kamczyc, prof. ID PAN

Kórnik 06.10.2025 r.